Εκεί ήρθε σε ρήξη με την ιεραρχία και αναγκάστηκε να φύγει για να εγκατασταθεί στη Μονή Ρεκίστας, μεταξύ Λεονταρίου και Μυστρά. Οι προσωπικές του διαμάχες δεν είχαν όμως τέλος. Λόγω κτηματικών διαφορών συγκρούστηκε με έναν ισχυρό Τούρκο της περιοχής και αναγκάστηκε να εκπατρισθεί. Καθώς τον κατεδίωκαν ο Παπαφλέσσας φώναξε στους διώκτες του: «Αϊντε ρε και πού θα μου πάτε; Θα ξαναγυρίσω πάλι ή δεσπότης ή παπάς και τότε θα λογαριαστούμε», υπόσχεση την οποία τήρησε.
Στη νέα του προσωρινή πατρίδα, την Κωνσταντινούπολη, φιλοξενήθηκε εγκαρδίως από τους εκεί συμπατριώτες του. Επί πατριαρχίας Γρηγορίου Ε' (1745-1821) ο Παπαφλέσσας χειροτονήθηκε αρχιμανδρίτης.
Στις 21 Ιουνίου 1818 μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία από τον Παναγιώτη Αναγνώστου (Αναγνωσταρά) με το όνομα Γρηγόριος Δίκαιος και ανέλαβε τη σημαντική αποστολή της κατήχησης των κατοίκων των Παραδουνάβιων Ηγεμονιών με το συνθηματικό όνομα Αρμόδιος. Στην επιστροφή του στην Ελλάδα, μετά το πέρας της πρώτης του αποστολής, συνελήφθη από τους Τούρκους και εν τέλει φυγαδεύτηκε με τη βοήθεια του πατριάρχη Γρηγορίου. Οταν πλέον επέστρεψε στην Πελοπόννησο κατείχε ήδη το πνεύμα του αγωνιστή.
Με δεκάδες έγγραφα της Φιλικής Εταιρείας στα χέρια του ξεκίνησε μια σειρά ομιλίες ευαγγελιζόμενος την απελευθέρωση των Ελλήνων από τον ζυγό των Τούρκων.
Ο ηγετικός του χαρακτήρας και οι πρωτοβουλίες του αυτές ανησύχησαν πολλούς προύχοντες, οι οποίοι δεν ήθελαν να διαταραχθεί η τάξη και οι Τούρκοι να προβούν σε αντίποινα. Πολλοί ήταν εκείνοι οι οποίοι σκέφθηκαν να τον συλλάβουν και να τον παραδώσουν στα χέρια του εχθρού. Ο Παπαφλέσσας όμως διαισθάνθηκε τον κίνδυνο και φρόντισε να περιορίσει τη δράση του στους απλούς χωρικούς, οι οποίοι τον προστάτευαν, γοητευμένοι από τον χαρισματικό ηγέτη τους.
Η εν Μανιακίω της Πυλίας μάχη, «καθ' ην ο Γρηγόριος Παπαφλέσσας, ηρωικώς μαχόμενος, έπεσε ως νέος Λεωνίδας»
Τον Ιανουάριο του 1821 στη Βοστίτσα, στο Αίγιο, ο Παπαφλέσσας κάλεσε συνέλευση, όπου και έθιξε τα μείζονα θέματα της χώρας. Μίλησε περί ελευθερίας και δικαιωμάτων, περί πνεύματος και ελληνικότητας και υποστήριξε την Επανάσταση. Μια επανάσταση την οποία αποδοκίμασαν πολλοί από τους συμμετέχοντες υποστηρίζοντας ότι το έδαφος δεν ήταν έτοιμο ακόμη.
Ο Παπαφλέσσας τότε σήκωσε επιδεικτικά την επιστολή που είχε στείλει ο Υψηλάντης τονίζοντας την αναγκαιότητα της άμεσης έναρξης του αγώνα. Χωρίς όμως ανταπόκριση. Οργισμένος αναχώρησε για τη Μάνη, όπου συνάντησε τον Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και τον Χριστόφορο Περραιβό.
Μετά την κήρυξη της Επανάστασης ο Παπαφλέσσας έβγαλε το ράσο του αρχιμανδρίτη και φόρεσε τη στολή του πολεμιστή. Από τον Μάρτιο του 1821 ως και τη μάχη στο Μανιάκι το 1825, όπου σκοτώθηκε, πρωταγωνίστησε σε όλες τις πολεμικές επιχειρήσεις αλλά και σε πολιτικές δραστηριότητες. Στις περιοδείες του στην Αρκαδία, στη Γορτυνία, στην Ολυμπία, στην Αργολίδα και στην Κορινθία κινήθηκε με σκοπό να στρατολογήσει τους εκεί πληθυσμούς
Στην Αργολίδα, κατά την προσπάθειά του να εμποδίσει την προέλαση του Κεχαγιά Μπέη, εγκαταλείφθηκε από τους άοπλους και άπειρους χωρικούς που τον συνόδευαν και αναγκάστηκε να υποχωρήσει στο κάστρο του Άργους, όπου και αντιμετώπισε τους Τούρκους.
Στον επόμενο του προορισμό, στην Καρύταινα, ο τουρκικός στρατός ερχόμενος από την Τρίπολη ανάγκασε τον ίδιο και τον Κολοκοτρώνη να καταφύγουν στη Μεσσηνία, ενώ τον Ιούλιο του 1821 στα Μεγάλα Δερβένια της Μεγαρίδας μαζί με άλλους οπλαρχηγούς κατόρθωσε να παρεμποδίσει την είσοδο του τουρκικού στρατού του Ομέρ Βρυώνη στην Πελοπόννησο.
Τον Δεκέμβριο του 1821 έγινε μέλος της Πελοποννησιακής Γερουσίας και έλαβε μέρος στην Α' Γενική Συνέλευση της Επιδαύρου, στη Β' Εθνική Συνέλευση του Άστρους και την 1η Ιουλίου 1823 ανέλαβε το υπουργείο Εσωτερικών. Στον εμφύλιο πόλεμο βρέθηκε αντίπαλος του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη,παρ' ότι στο παρελθόν είχε πολεμήσει μαζί του.
Στο πλευρό της κυβέρνησης Γ. Κουντουριώτη κυνήγησε τους Κολοκοτρωναίους, ενώ οι ένοπλες συγκρούσεις μαζί τους καθώς και με άλλους αγωνιστές της Επανάστασης αποτελούν γκρίζες σελίδες στην ιστορία του έθνους κατά την κρίσιμη αυτή περίοδο. Παρ' όλα αυτά, όταν ο Ιμπραήμ απείλησε σοβαρά την έκβαση της Επανάστασης, ο ίδιος ο Παπαφλέσσας πρότεινε την αποφυλάκιση του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη και άλλων αντικυβερνητικών. Η απελευθέρωσή τους όμως δεν έγινε εγκαίρως.
Ο Παπαφλέσσας έσπευσε στο Μανιάκι, το οποίο μετά την πτώση του Νεοκάστρου (11 Μαΐου 1825) αποτελούσε στόχο των Αιγυπτίων, όπου συγκέντρωσε αρχικά 1.500 άνδρες, από τους οποίους τελικά έμειναν μόνο 500. Κυκλωμένος από 3.000 ιππείς και πεζούς απέρριψε την πρόταση άλλων οπλαρχηγών να μετακινηθεί σε πιο ασφαλή θέση. Στην οκτάωρη αυτή μάχη ο Παπαφλέσσας έπεσε νεκρός μαζί με όλους τους άνδρες του τον ανηψιό του Δημήτριο Ηλία Φλέσσα.
