Ο Εφραίμ Κατουνακιώτης γεννήθηκε στις 6 Δεκεμβρίου 1912 στο Αμπελοχώρι Θηβών. Ο πατέρας του ονομαζόταν Ιωάννης Παπανικήτας και η μητέρα του Βικτωρία και είχαν 4 παιδιά. Το κοσμικό όνομά του ήταν Ευάγγελος. Έζησε τα παιδικά του χρόνια στο Αμπελοχώρι, στις πρώτες τάξεις του δημοτικού όμως, οι γονείς του εγκαταστάθηκαν στη Θήβα για να διευκολύνουν τις σπουδές των παιδιών τους. Μαθημένος να εκκλησιάζεται πολύ συχνά, συνδέθηκε νωρίς με μοναχούς και μοναχές, και άρχισε από κοσμικός ήδη να ζει ζωή σχεδόν καλογερική. Ήταν αλλεργικό άτομο.
Η ασθένεια του εκδηλώθηκε από δεκατεσσάρων ετών σαν σβώλοι άμμου στα μάτια. Επίσης εμφάνισε αργότερα, μία σοβαρή εκζεματώδη κατάσταση στην άρθρωση του αστραγάλου. Το 1996 ο παπα-Εφραίμ έπαθε εγκεφαλικό επεισόδιο και έπεσε σε ακινησία. Πέθανε στις 14/27 Φεβρουαρίου του 1998 και ετάφη στον περίβολο του κελιού του, σε τάφο που είχε ο ίδιος σκάψει με τα χέρια του. Την 14η Σεπτεμβρίου 1933 ο Ευάγγελος αποφάσισε να μονάσει και ήλθε στην έρημο του Αγίου Όρους στα Κατουνάκια, στο ησυχαστήριο του Οσίου Εφραίμ του Σύρου και υποτάχτηκε στην συνοδεία των Γεροντάδων Εφραίμ και Νικηφόρου παλιών οικογενειακών γνωστών.
Ένα εξάμηνο μετά την προσέλευση του, εκάρη μικρόσχημος μοναχός με το όνομα Λογγίνος. Το 1935 έγινε μεγαλόσχημος μοναχός από τον Γέροντά του Νικηφόρο και έλαβε το όνομα Εφραίμ. Τον επόμενο δε χρόνο χειροτονήθηκε ιερέας. Ό παπα-Εφραίμ γνώρισε τον ξακουστό στο Άγιο Όρος μοναχό Γέροντα Ιωσήφ τον Σπηλαιώτη ή Ησυχαστή (1898-1959) και συνδέθηκε πνευματικά μαζί του, αφού πήρε την άδεια από τον Γέροντα του Νικηφόρο. Ό Γέροντας Ιωσήφ με την σειρά του, άσκησε καταλυτική επίδραση στην πορεία του νεαρού μοναχού στην πνευματική ζωή. Το 1973 πέθανε ο ιερομόναχος Νικηφόρος.
Ο Εφραίμ μετά το 1980 συγκρότησε συνοδεία τηρώντας την εντολή του Γέροντος Ιωσήφ να αποκτήσει συνοδεία μετά τον θάνατο του Νικηφόρου. Το προσωνύμιό του στο Άγιο Όρος ήταν «ο χαρισματούχος υποτακτικός», λόγω της υπακοής που επέδειξε στον Γέροντα Νικηφόρο, έναν γέροντα πολύ σκληρό κατά γενική ομολογία. O Εφραίμ θεωρούσε την κάθε θεία Λειτουργία και μία θεοφάνεια, ένα συγκλονιστικό και βαθύτατα πνευματικό γεγονός.
