Ο Κολοκοτρώνης κατηγορήθηκε για εσχάτη προδοσία και συνελήφθη μαζί με τους Πλαπούτα, Τζαβέλα, Νικηταρά και άλλους στρατιωτικούςμε την κατηγορία ότι ετοίμαζαν συνωμοσία για την ανατροπή του ανήλικου βασιλιά. Ήθελαν, λέει, να ανατρέψουν τον ανήλικο Όθωνα, και να επιβάλουν τη δική τους καταστροφική τάξη πραγμάτων.
Η ποινή για τον Κολοκοτρώνη και τον Πλαπούτα ήταν θανατική εκτέλεση στη λαιμητόμο, εντός 24 ωρών. Στο άκουσμά της ποινής το ακροατήριο έμεινε άναυδο.
Η απόφαση προκάλεσε μεγάλο σάλο. Λίγες ώρες αργότερα η βαυαρική αντιβασιλεία υποχρεώθηκε να μετατρέψει την ποινή σε κάθειρξη. Με την ενηλικίωσή του ο Όθων έδωσε χάρη.
Στο μεταξύ, ο Κολοκοτρώνης είχε περάσει στις φυλακές μεταχείριση που δεν του είχαν επιφυλάξει ούτε οι Οθωμανοί διώκτες του. Έζησε για εφτά μήνες στα μπουντρούμια των μεσαιωνικών φυλακών στο Παλαμήδι και την Ακροναυπλία.
Το σκοτεινό μπουντρούμι, που έχει ταυτιστεί στη συνείδησή μας ως φυλακή του Κολοκοτρώνη στο Παλαμήδι, φαίνεται πως δεν ήταν ο χώρος που έμεινε έγκλειστος ο θρυλικός Γέρος του Μοριά μετά την καταδίκη του σε θάνατο στις 26 Μαΐου 1834 από το καθεστώς της Αντιβασιλείας του Όθωνα.
Η φυλακή του ήταν όντως στο Παλαμήδι, όχι όμως στον προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα. Ήταν σε ένα μικρό ισόγειο κτίσμα με παράθυρο και μικρή αυλή στον προμαχώνα του Μιλτιάδη. Το ιστορικό αυτό κενό έρχεται να φωτίσει η καθοριστική μαρτυρία αυτόπτη μάρτυρα στην δημοσιευμένη μελέτη της Δρος της Νεοελληνικής Ιστορίας Ρεγγίνας Quack – Μανουσάκη, η οποία αναφέρεται στην αλληλογραφία της Μπεττίνας φον Σαβινύ, κόρης του Φρίντριχ Κάρλ φον Σαβινύ, καθηγητή της Νομικής στο Πανεπιστήμιο του Βερολίνου, η οποία έγινε σύζυγος του Κων/νου Σχοινά(1801-1857), Υπουργού Δικαιοσύνης κατά την περίοδο της Αντιβασιλείας του Όθωνα και αργότερα πρώτου Πρύτανη του Πανεπιστήμιου, και έζησε την περίοδο αυτή στο Ναύπλιο.
Η φυλακή του ήταν όντως στο Παλαμήδι, όχι όμως στον προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα. Ήταν σε ένα μικρό ισόγειο κτίσμα με παράθυρο και μικρή αυλή στον προμαχώνα του Μιλτιάδη. Το ιστορικό αυτό κενό έρχεται να φωτίσει η καθοριστική μαρτυρία αυτόπτη μάρτυρα στην δημοσιευμένη μελέτη της Δρος της Νεοελληνικής Ιστορίας Ρεγγίνας Quack – Μανουσάκη, η οποία αναφέρεται στην αλληλογραφία της Μπεττίνας φον Σαβινύ, κόρης του Φρίντριχ Κάρλ φον Σαβινύ, καθηγητή της Νομικής στο Πανεπιστήμιο του Βερολίνου, η οποία έγινε σύζυγος του Κων/νου Σχοινά(1801-1857), Υπουργού Δικαιοσύνης κατά την περίοδο της Αντιβασιλείας του Όθωνα και αργότερα πρώτου Πρύτανη του Πανεπιστήμιου, και έζησε την περίοδο αυτή στο Ναύπλιο.
Σε μια επιστολή της η Μπεττίνα φον Σαβινύ αναφέρεται σε μια επίσκεψη της στο Παλαμήδι στις 14 Φεβρουαρίου 1835, στη φυλακή όπου βρισκόταν φυλακισμένος ο Κολοκοτρώνης για τον οποίο αναφέρει: «Κάθεται σ’ ένα σπιτάκι στη μέση μιας αυλής, η οποία περιβάλλεται από ψηλούς τοίχους, τα κανόνια στις πολεμίστρες εδώ είναι γεμάτα» και συνεχίζει για την περιοχή του χώρου όπου βρισκόταν η φυλακή του Κολοκοτρώνη «Από παντού έχεις την πιο ωραία θέα προς τη θάλασσα, τα μακρινά βουνά, την πεδιάδα κ.λ.π. Δηλαδή βρίσκεσαι στο πιο γραφικό και φανταστικό περιβάλλον του κόσμου».
Είναι αξιοσημείωτο ότι ο Θ. Κολοκοτρώνης στα απομνημονεύματά του αναφέρεται συνοπτικά στη φυλάκισή του στο Παλαμήδι μετά την καταδίκη του χωρίς καμιά περιγραφή της φυλακής.
«…Μ' έβαλαν έξι μήνες μυστική φυλακή, χωρίς να δω άνθρωπο εκτός του δεσμοφύλακα. Δεν ήξερα τι γίνεται για έξι μήνες, ούτε ποιος ζει, ούτε ποιος πέθανε, ούτε ποιόν [άλλον] έχουν στη φυλακή. Για τρεις μέρες δεν ήξερα πως υπάρχω, μου φαινόταν σαν όνειρο. Ρωτούσα τον εαυτό μου αν ήμουν εγώ ο ίδιος ή άλλος κανένας. Δεν ήξερα γιατί μ' έχουν κλεισμένο. Με τον καιρό μου πέρασε απ' το νου, πως ίσως η Κυβέρνηση, βλέποντας την υπόληψη που 'χε ο λαός προς εμένα, με φυλάκισε για να μου κόψει την επιρροή. Ποτέ δεν πίστεψα πως θα φτάσουν σε τέτοιο σημείο να φτιάξουν ψευδομάρτυρες…».
Η φυλακή του Κολοκοτρώνη στο Παλαμήδι σήμερα έχει λάβει θρυλικές διαστάσεις από τους επισκέπτες. Ακόμα και ο θρύλος για τα 999 σκαλιά του Παλαμηδιού, συνδέεται με τον Θ. Κολοκοτρώνη, σύμφωνα με προφορική λαϊκή παράδοση, το χιλιοστό σκαλοπάτι το έσπασε το άλογο του Κολοκοτρώνη.
Είναι αξιοσημείωτο ότι ο Θ. Κολοκοτρώνης στα απομνημονεύματά του αναφέρεται συνοπτικά στη φυλάκισή του στο Παλαμήδι μετά την καταδίκη του χωρίς καμιά περιγραφή της φυλακής.
«…Μ' έβαλαν έξι μήνες μυστική φυλακή, χωρίς να δω άνθρωπο εκτός του δεσμοφύλακα. Δεν ήξερα τι γίνεται για έξι μήνες, ούτε ποιος ζει, ούτε ποιος πέθανε, ούτε ποιόν [άλλον] έχουν στη φυλακή. Για τρεις μέρες δεν ήξερα πως υπάρχω, μου φαινόταν σαν όνειρο. Ρωτούσα τον εαυτό μου αν ήμουν εγώ ο ίδιος ή άλλος κανένας. Δεν ήξερα γιατί μ' έχουν κλεισμένο. Με τον καιρό μου πέρασε απ' το νου, πως ίσως η Κυβέρνηση, βλέποντας την υπόληψη που 'χε ο λαός προς εμένα, με φυλάκισε για να μου κόψει την επιρροή. Ποτέ δεν πίστεψα πως θα φτάσουν σε τέτοιο σημείο να φτιάξουν ψευδομάρτυρες…».
Η φυλακή του Κολοκοτρώνη στο Παλαμήδι σήμερα έχει λάβει θρυλικές διαστάσεις από τους επισκέπτες. Ακόμα και ο θρύλος για τα 999 σκαλιά του Παλαμηδιού, συνδέεται με τον Θ. Κολοκοτρώνη, σύμφωνα με προφορική λαϊκή παράδοση, το χιλιοστό σκαλοπάτι το έσπασε το άλογο του Κολοκοτρώνη.
