Πρόκειται για την παλαιότερη από τις σωζόμενες σήμερα εκκλησίες της πόλης. Βρίσκεται στην συνοικία Ψαρομαχαλά του Ναυπλίου.
Η εκκλησία αυτή ήταν η μόνη, που επετράπη το 1780, μετά από παρέμβαση του δραγουμάνου του Στόλου Ν. Μαυρογένους, να λειτουργεί υπέρ των 300 περίπου Ελλήνων Ορθοδόξων της πόλεως.
Τότε την πλειοψηφία των κατοίκων αποτελούσαν οι Οθωμανοί, οι άλλες εκκλησίες ήσαν, όπως είπαμε υπό κατάληψη και ο εκκλησιασμός των Ορθοδόξων γίνονταν μόνον εκτός των τειχών, στην εκκλησία των Αγίων Πάντων στην Πρόνοια. Την εκκλησία της Αγ. Σοφίας ανακαίνισε το 1825 ο τότε φρούραρχος Ναυπλίου, ο στρατηγός Νάσος Φωτομάρας.