Λίγες μέρες αργότερα ο Ανδρέας Μιαούλης αναλαμβάνει την ηγεσία του ελληνικού στόλου. Ο τουρκοαιγυπτιακός στόλος έχει σκοπό να επιτεθεί στις Σπέτσες και αργότερα να προσπαθήσει να ανεφοδιάσει το Ναύπλιο. Ο Μιαούλης δίνει εντολή στα ελληνικά πλοία να πλεύσουν στα στενά των Σπετσών, όπου θα ήταν πιο εύκολο να αντιμετωπίσουν τους αντιπάλους.
Τέσσερα ελληνικά πλοία παράκουσαν τις εντολές του και πλέουν ανατολικότερα από τα στενά. Βρέθηκαν έτσι ανάμεσα στον εχθρό με τους Έλληνες να ανοίγουν πυρ. Η ναυμαχία των Σπετσών μόλις είχε αρχίσει, στις 8 Σεπτεμβρίου του 1822.
Κράτησε περίπου πέντε ημέρες. Οι δυο στόλοι έκαναν ελιγμού, προσπαθώντας άλλοτε να αιφνιδιάσουν τον αντίπαλο και άλλοτε να συγκρουστούν μεταξύ Ύδρας και Σπετσών. Η πολυήμερη ναυμαχία, ανάγκασε τους Τούρκους να ανοιχτούν στο Αιγαίο, εγκαταλείποντας το σχέδιο ανεφοδιασμού του Ναυπλίου. Σε λιγότερο από τρεις μήνες μετά την ναυμαχία των Σπετσών, το Ναύπλιο θα βρεθεί σε ελληνικά χέρια.
