Δεν έχουμε γραφτή μαρτυρία ούτε κτιτορική επιγραφή με το έτος Ίδρυσης του Ι.Ναού της Παναγίας. Ό Λαμπρυνίδης (Ή Ναυπλία, ό.π.. ο. 129) υποθέτει ότι πρέπει να είναι ό πρωτεύων ορθόδοξος ναός του Ναυπλίου (επειδή ό "Άγιος Γεώργιος άνηκε στους καθολικούς) επί' Ενετοκρατίας.
Ή Παναγία έχει σχήμα βασιλικής χωρίς τρούλο. Ό νάρθηκας της πρέπει να έγινε μετά την Απελευθέρωση, όπως και το τριώροφο καμπαναριό της στη ΝΔ του πλευρά. "Ως σήμερα φροντισμένη με αγάπη ή Παναγία, αντιπροσωπεύει ένα από τα πιο ωραία ιστορικά και εκκλησιαστικά μνημεία της πόλης.
Στην απογραφή της εκκλησιαστικής περιουσίας το 1696, στην ουσία μια απλή καταγραφή κατοικιών που διέμεναν οι οικογένειες των ενοριτών κάθε εκκλησίας, αναφέρεται ως η ενορία του παπά Βουρδούχα. Απογράφονται 12 οικογένειες συνολικού αριθμού ατόμων 46, όλες ξένων εποίκων.
Ο ίδιος ο ιερομόναχος Βουρδούχας σημειώνει για την εκκλησία του ότι : «έχει αυτή η εκκλησία ενωρία καλήβια 12 φτιασμένα εις τόπον αυθεντικόν και κάθωνται όλων ξένη». Η Παναγία του Ναυπλίου είναι συνδεδεμένη με το μαρτύριο του Ναυπλιέως Νεομάρτυρα Αναστασίου Πολιούχου του Ναυπλίου που οι Τούρκοι τον βασάνισαν για την πίστη του στο Χριστό την πρώτη Φεβρουαρίου του 1655, στην ελιά που υπάρχει ακόμα στη βορινή πλευρά του ναού.
