Η έλλειψη επαρκών ιστορικών πληροφοριών για την μεσοβυζαντινή εποχή στην Αθήνα, δε μας επιτρέπει να παρακολουθήσουμε με χρονολογική ακρίβεια την ιστορία του μνημείου, η οποία φαίνεται να είναι μακρά. Τα μεσοβυζαντινά χρόνια ήταν για την Αθήνα μια από τις σκοτεινότερες περιόδους της ιστορίας της, γιατί αφενός πλήττονταν συνεχώς από αλεπάλληλες εχθρικές καταστροφικές επιθέσεις, αφετέρου, αποτελούσε, για τη βυζαντινή αυτοκρατορία του 11ου και 12ου αιώνα, μία ασήμαντη επαρχία που συμπεριλαμβανόταν στο Ελλαδικό θέμα.
Παρόλα αυτά, εκείνα τα χρόνια, οι αυτοκράτορες και οι λόγιοι του Βυζαντίου είχαν στρέψει και πάλι την προσοχή τους προς τις κλασσικές σπουδές και μια εποχή για την οποία η αρχαία Αθήνα πάντα κατείχε ιδιαίτερη αίγλη και ξεχωριστή θέση, λόγω των καλλιτεχνικών και πνευματικών της αναζητήσεων. Ωστόσο, μέσα σ’ αυτές τις δύσκολες ιστορικές συγκυρίες, υπήρξε στην Ελλάδα μία ξεχωριστή εξέλιξη στη ναοδομία ώστε να δημιουργηθεί αρχιτεκτονική σχολή με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά, σύμφωνα με τους ερευνητές, ενώ παράλληλα, ακολουθήθηκαν και τα Κωνσταντινουπολίτικα πρότυπα. Αξιοσημείωτο, από την ιστορία αυτής της περιόδου, είναι το γεγονός ότι τα σημαντικότερα κτήρια αφιερώνονταν στη θεία λατρεία, λόγω της έντονης θρησκευτικότητας των λαών, γι’ αυτό και η πλειονότητα των γνωστών αρχιτεκτονικών δειγμάτων που σώζονται είναι ναοί.
Η ονομασία του ναού ως «Καπνικαρέα» συναντάται εδώ και πολλούς αιώνες στις γραπτές πηγές, αλλά και μ’ αυτό το όνομα είναι γνωστή η εν λόγω εκκλησία στο λαό από παλιά. Στις γραπτές πηγές ο ναός αναφέρεται και με άλλα ονόματα, όπως: Καμουκαρέα, Καμηκαρέα, Χρυσοκαμουκαριώτισσα, Καμουχαριώτισσα, Χαμουκαρέα, Καμκαρέα, Καμουχαρέα, Παναγία της Βασιλοπούλας, Παναγία του Πρέντζα κ.ά.
Με την ονομασία του ναού έχει ασχοληθεί η φιλολογική επιστήμη, αλλά δεν έχει δώσει οριστική απάντηση, γι’ αυτό και έχουν προταθεί πολλές ερμηνείες – ετυμολογίες. Η επικρατέστερη άποψη είναι ότι το όνομα Καπνικαρέα συνδέεται με τον ιδρυτή του ναού, ο οποίος πιθανότατα ήταν «Καπνικάριος», δηλαδή εισπράκτορας του καπνικού φόρου. Ο καπνικός φόρος ήταν ο φόρος καπνοδόχου, αφορούσε δηλαδή τις κατοικημένες οικοδομές, από τις οποίες έβγαινε καπνός χάρη στην εστία που χρησιμοποιούσαν για θέρμανση ή μαγείρεμα. Το φόρο αυτό, που είχε καταργήσει εν μέρει η αυτοκράτειρα Ειρήνη η Αθηναία, τον επανέφερε ο αυτοκράτορας Νικηφόρος Α΄(802-811) μαζί με επιπλέον φόρους, που έμειναν γνωστοί στην ιστορία ως «κακώσεις του Νικηφόρου». Πιθανόν, λοιπόν, το «Καπνικάριος» να κατέληξε να είναι οικογενειακό επίθετο, εξαιτίας του επαγγέλματος, και να ανήκε στον κτήτορα του ναού.
Μια δεύτερη ετυμολογική εκδοχή, που συνδέεται με την ονομασία του ναού ως Καπνικαρέα, αναφέρεται στο γεγονός ότι κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, μετά την πυρπόληση της Αθήνας από τους Τούρκους το 1689, βρέθηκε στο ναό ακέραιη η εικόνα της Παναγίας αλλά «κατακαπνισμένη».
Επίσης, και για την ονομασία του ναού ως Καμουκαρέα ή Καμουχαρέα έχουν προταθεί δύο διαφορετικές ερμηνείες. Η μία είναι ότι, πιθανόν, το όνομα να προήλθε από το ύφασμα, με το οποίο ήταν καλυμμένη η εικόνα της Παναγίας, τον καμουκά ή καμουχά, που ήταν πολύτιμο υφαντό ύφασμα απ’ το οποίο κατασκευάζονταν ποδώσεις εικόνων και του οποίου η τέχνη εξυμνείται στη δημοτική ποίηση, ως ιδιαίτερο προσόν των προκομμένων γυναικών, ως εξής: «Ξέρει κ’ υφαίνει καμουχά και διάζεται βελούδο!». Η δεύτερη εξήγηση είναι η πιθανή γειτνίαση της εκκλησίας με τα εργαστήρια των «καμουκάδων» ή «καμουχάδων», δηλαδή με εργαστήρια που κατασκευάζουν πολύχρωμα μεταξωτά υφάσματα με κλαδωτά σχέδια.
Για τα ονόματα «Καμουχαριώτισσα» ή «Χρυσοκαμουκαριώτισσα» έχει προταθεί ως ερμηνεία η ετυμολογία «κάμνει χάρες = καμουχαριώτισσα», γιατί πιθανόν η εικόνα της Παναγίας έκανε θαύματα – χάρες.
Με την ονομασία του ναού έχει ασχοληθεί η φιλολογική επιστήμη, αλλά δεν έχει δώσει οριστική απάντηση, γι’ αυτό και έχουν προταθεί πολλές ερμηνείες – ετυμολογίες. Η επικρατέστερη άποψη είναι ότι το όνομα Καπνικαρέα συνδέεται με τον ιδρυτή του ναού, ο οποίος πιθανότατα ήταν «Καπνικάριος», δηλαδή εισπράκτορας του καπνικού φόρου. Ο καπνικός φόρος ήταν ο φόρος καπνοδόχου, αφορούσε δηλαδή τις κατοικημένες οικοδομές, από τις οποίες έβγαινε καπνός χάρη στην εστία που χρησιμοποιούσαν για θέρμανση ή μαγείρεμα. Το φόρο αυτό, που είχε καταργήσει εν μέρει η αυτοκράτειρα Ειρήνη η Αθηναία, τον επανέφερε ο αυτοκράτορας Νικηφόρος Α΄(802-811) μαζί με επιπλέον φόρους, που έμειναν γνωστοί στην ιστορία ως «κακώσεις του Νικηφόρου». Πιθανόν, λοιπόν, το «Καπνικάριος» να κατέληξε να είναι οικογενειακό επίθετο, εξαιτίας του επαγγέλματος, και να ανήκε στον κτήτορα του ναού.
Μια δεύτερη ετυμολογική εκδοχή, που συνδέεται με την ονομασία του ναού ως Καπνικαρέα, αναφέρεται στο γεγονός ότι κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, μετά την πυρπόληση της Αθήνας από τους Τούρκους το 1689, βρέθηκε στο ναό ακέραιη η εικόνα της Παναγίας αλλά «κατακαπνισμένη».
Επίσης, και για την ονομασία του ναού ως Καμουκαρέα ή Καμουχαρέα έχουν προταθεί δύο διαφορετικές ερμηνείες. Η μία είναι ότι, πιθανόν, το όνομα να προήλθε από το ύφασμα, με το οποίο ήταν καλυμμένη η εικόνα της Παναγίας, τον καμουκά ή καμουχά, που ήταν πολύτιμο υφαντό ύφασμα απ’ το οποίο κατασκευάζονταν ποδώσεις εικόνων και του οποίου η τέχνη εξυμνείται στη δημοτική ποίηση, ως ιδιαίτερο προσόν των προκομμένων γυναικών, ως εξής: «Ξέρει κ’ υφαίνει καμουχά και διάζεται βελούδο!». Η δεύτερη εξήγηση είναι η πιθανή γειτνίαση της εκκλησίας με τα εργαστήρια των «καμουκάδων» ή «καμουχάδων», δηλαδή με εργαστήρια που κατασκευάζουν πολύχρωμα μεταξωτά υφάσματα με κλαδωτά σχέδια.
Για τα ονόματα «Καμουχαριώτισσα» ή «Χρυσοκαμουκαριώτισσα» έχει προταθεί ως ερμηνεία η ετυμολογία «κάμνει χάρες = καμουχαριώτισσα», γιατί πιθανόν η εικόνα της Παναγίας έκανε θαύματα – χάρες.
Η ονομασία «Καπνικαρέα» απαντάται ακόμη και σε κύκλους λογίων της εποχής της Τουρκοκρατίας, όταν ο ναός έφερε και το όνομα «Εκκλησία της Βασιλοπούλας», γιατί, σύμφωνα με την παράδοση, πιστευόταν ότι ήταν μια από τις εκκλησίες που έχτισε στην Αθήνα η Αθηναία Ευδοκία, σύζυγος του αυτοκράτορα της Κων/πολης Θεοδοσίου Β’ (408-450), ή η αυτοκράτειρα Ειρήνη η Αθηναία (797-802). Ο θρύλος αυτός εξηγείται με το ότι η σημερινή εκκλησία κτίσθηκε πάνω σε προγενέστερο ναό , του οποίου η οικοδόμηση και φροντίδα αποδίδονταν σε μία από τις δύο αυτές Αθηναίες αυτοκράτειρες.
Στη βόρεια πλευρά του ναού υπάρχει παρεκκλήσιο που τιμάται στο όνομα της Αγίας Βαρβάρας. Επειδή το παρεκκλήσιο αυτό, λόγω της φθοράς, ανακατασκευάστηκε από τον οπλαρχηγό του 1821 Πρέντζα, αποδιδόταν στο όλο συγκρότημα και η επονομασία «Παναγία του Πρέντζα».
Η εκκλησία υπέστη πολλές φθορές κατά την Επανάσταση του 1821 και το 1834 επρόκειτο να κατεδαφιστεί, επειδή γινόταν η διάνοιξη της οδού Ερμού και αφού ο ναός βρίσκεται πάνω στη μέση του δρόμου. Τελικά όμως σώθηκε, ως εκ θαύματος, χάρη στην επέμβαση του φιλέλληνα πατέρα του Όθωνα, βασιλιά της Βαυαρίας, Λουδοβίκου. Τον ίδιο κίνδυνο, όμως, αντιμετώπισε και αργότερα εξαιτίας της κυβερνητικής απόφασης της 20ης Αυγούστου του 1863, η οποία όμως τελικά ακυρώθηκε χάρη στην παρέμβαση του τότε Μητροπολίτη Αθηνών.
Όταν η Καπνικαρέα έγινε πανεπιστημιακός ναός, πραγματοποιήθηκαν πολλές επισκευές για την αποκατάστασή του στην αρχαιοπρεπή του εμφάνιση, γιατί οι επίτροποι που μέχρι τότε τον διαχειρίζονταν τον είχαν παραμελήσει εντελώς και είχαν προβεί σε εξωραϊστικά έργα, χωρίς την επίβλεψη κάποιας αρμόδιας υπηρεσίας, με αποτέλεσμα να καταστραφεί και να στρεβλωθεί η θαυμάσια αρχιτεκτονική του ναού. Την ίδια εποχή προστέθηκε το ψηφιδωτό, που βρίσκεται στο πρόπυλο της εισόδου στη νότια πλευρά του ναού. Η αξιόλογη αυτή ψηφιδωτή παράσταση δημιουργήθηκε το 1936 από την Έλλη Βοΐλα πάνω σε σχέδιο του Αγήνορα Αστεριάδη και φέρει την επιγραφή «Η ΧΑΡΑ ΤΩΝ ΘΛΙΒΟΜΕΝΩΝ». Μετά από λίγα χρόνια, το 1942, ξεκίνησε και η εικονογράφηση του ναού από τον Φώτη Κόντογλου και τους μαθητές του. Με το νόμο 1268/1931 η εκκλησία παραχωρήθηκε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών για την άσκηση των φοιτητών της Θεολογικής Σχολής, ύστερα από επίμονες ενέργειες του Αμίλκα Αλιβιζάτου, ο οποίος υπήρξε Καθηγητής του Κανονικού Δικαίου και της Ποιμαντικής στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και διετέλεσε Πρόεδρος της Εφορείας του Πανεπιστημιακού ναού. Προηγουμένως δεν υπήρχε κάποιος ναός, για να ασκούνται στα λειτουργικά και πρακτικά μαθήματα οι φοιτητές της Θεολογικής Σχολής και ο ναός της Καπνικαρέας, παρόλο που δεν βρίσκεται κοντά στο Πανεπιστήμιο, κρίθηκε κατάλληλος, γιατί δεν ήταν ενοριακός ναός την εποχή εκείνη. Τότε ο ναός ανήκε στο Γενικό Εκκλησιαστικό Ταμείο, σε παλαιότερη όμως εποχή ήταν ενοριακός, όπως μας πληροφορεί σε σχετικό άρθρο του, όπου παρατίθενται και μαρτυρίες, ο π. Γεώργιος Ευθυμίου, καθηγητής της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, ο οποίος από το 1987 υπηρετεί στο ναό ως εφημέριος.
Από το 1996, οπότε άρχισε να υλοποιείται το πρόγραμμα για την Ενοποίηση των Αρχαιολογικών χώρων της Αθήνας, το τμήμα αυτό της οδού Ερμού, το οποίο βρίσκεται στο εμπορικό τρίγωνο, πεζοδρομήθηκε με αποτέλεσμα να αναδειχθεί περισσότερο ο βυζαντινός ναός της Καπνικαρέας. Σήμερα, στο σημείο όπου βρίσκεται ο ναός, έχει δημιουργηθεί πλατεία, στην οποία έχει αποδοθεί το όνομα του ναού και γι’ αυτό αποκαλείται «Πλατεία Καπνικαρέας».
Αξιοσημείωτο είναι, επίσης, το γεγονός ότι εδώ και χρόνια ο ναός είναι στελεχωμένος με θαυμάσια βυζαντινή χορωδία, κάτι που συμβάλλει στην κατανυκτική ατμόσφαιρα των ακολουθιών. Τη χορωδία διευθύνει ο κ. Γεώργιος Ρεμούνδος, μαθητής του σπουδαίου ερευνητή της βυζαντινής μουσικής και φίλου του Κόντογλου Σίμωνος Καρά.
Στη βόρεια πλευρά του ναού υπάρχει παρεκκλήσιο που τιμάται στο όνομα της Αγίας Βαρβάρας. Επειδή το παρεκκλήσιο αυτό, λόγω της φθοράς, ανακατασκευάστηκε από τον οπλαρχηγό του 1821 Πρέντζα, αποδιδόταν στο όλο συγκρότημα και η επονομασία «Παναγία του Πρέντζα».
Η εκκλησία υπέστη πολλές φθορές κατά την Επανάσταση του 1821 και το 1834 επρόκειτο να κατεδαφιστεί, επειδή γινόταν η διάνοιξη της οδού Ερμού και αφού ο ναός βρίσκεται πάνω στη μέση του δρόμου. Τελικά όμως σώθηκε, ως εκ θαύματος, χάρη στην επέμβαση του φιλέλληνα πατέρα του Όθωνα, βασιλιά της Βαυαρίας, Λουδοβίκου. Τον ίδιο κίνδυνο, όμως, αντιμετώπισε και αργότερα εξαιτίας της κυβερνητικής απόφασης της 20ης Αυγούστου του 1863, η οποία όμως τελικά ακυρώθηκε χάρη στην παρέμβαση του τότε Μητροπολίτη Αθηνών.
Όταν η Καπνικαρέα έγινε πανεπιστημιακός ναός, πραγματοποιήθηκαν πολλές επισκευές για την αποκατάστασή του στην αρχαιοπρεπή του εμφάνιση, γιατί οι επίτροποι που μέχρι τότε τον διαχειρίζονταν τον είχαν παραμελήσει εντελώς και είχαν προβεί σε εξωραϊστικά έργα, χωρίς την επίβλεψη κάποιας αρμόδιας υπηρεσίας, με αποτέλεσμα να καταστραφεί και να στρεβλωθεί η θαυμάσια αρχιτεκτονική του ναού. Την ίδια εποχή προστέθηκε το ψηφιδωτό, που βρίσκεται στο πρόπυλο της εισόδου στη νότια πλευρά του ναού. Η αξιόλογη αυτή ψηφιδωτή παράσταση δημιουργήθηκε το 1936 από την Έλλη Βοΐλα πάνω σε σχέδιο του Αγήνορα Αστεριάδη και φέρει την επιγραφή «Η ΧΑΡΑ ΤΩΝ ΘΛΙΒΟΜΕΝΩΝ». Μετά από λίγα χρόνια, το 1942, ξεκίνησε και η εικονογράφηση του ναού από τον Φώτη Κόντογλου και τους μαθητές του. Με το νόμο 1268/1931 η εκκλησία παραχωρήθηκε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών για την άσκηση των φοιτητών της Θεολογικής Σχολής, ύστερα από επίμονες ενέργειες του Αμίλκα Αλιβιζάτου, ο οποίος υπήρξε Καθηγητής του Κανονικού Δικαίου και της Ποιμαντικής στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και διετέλεσε Πρόεδρος της Εφορείας του Πανεπιστημιακού ναού. Προηγουμένως δεν υπήρχε κάποιος ναός, για να ασκούνται στα λειτουργικά και πρακτικά μαθήματα οι φοιτητές της Θεολογικής Σχολής και ο ναός της Καπνικαρέας, παρόλο που δεν βρίσκεται κοντά στο Πανεπιστήμιο, κρίθηκε κατάλληλος, γιατί δεν ήταν ενοριακός ναός την εποχή εκείνη. Τότε ο ναός ανήκε στο Γενικό Εκκλησιαστικό Ταμείο, σε παλαιότερη όμως εποχή ήταν ενοριακός, όπως μας πληροφορεί σε σχετικό άρθρο του, όπου παρατίθενται και μαρτυρίες, ο π. Γεώργιος Ευθυμίου, καθηγητής της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, ο οποίος από το 1987 υπηρετεί στο ναό ως εφημέριος.
Από το 1996, οπότε άρχισε να υλοποιείται το πρόγραμμα για την Ενοποίηση των Αρχαιολογικών χώρων της Αθήνας, το τμήμα αυτό της οδού Ερμού, το οποίο βρίσκεται στο εμπορικό τρίγωνο, πεζοδρομήθηκε με αποτέλεσμα να αναδειχθεί περισσότερο ο βυζαντινός ναός της Καπνικαρέας. Σήμερα, στο σημείο όπου βρίσκεται ο ναός, έχει δημιουργηθεί πλατεία, στην οποία έχει αποδοθεί το όνομα του ναού και γι’ αυτό αποκαλείται «Πλατεία Καπνικαρέας».
Αξιοσημείωτο είναι, επίσης, το γεγονός ότι εδώ και χρόνια ο ναός είναι στελεχωμένος με θαυμάσια βυζαντινή χορωδία, κάτι που συμβάλλει στην κατανυκτική ατμόσφαιρα των ακολουθιών. Τη χορωδία διευθύνει ο κ. Γεώργιος Ρεμούνδος, μαθητής του σπουδαίου ερευνητή της βυζαντινής μουσικής και φίλου του Κόντογλου Σίμωνος Καρά.
