Μετά την ανάληψη της αρχηγίας της Εταιρείας ο Υψηλάντης πήρε διετή άδεια και αναχώρησε από την Πετρούπολη αρχικά για τη Μόσχα και έπειτα την Οδησσό, συγκεντρώνοντας μεγάλα χρηματικά ποσά από πλούσιους εμπόρους και οργανώνοντας την επικείμενη εξέγερση.
Τον Οκτώβριο του 1820 βρέθηκε στο Ισμαήλι της Βεσσαραβίας, όπου μετά από διαβουλεύσεις της Αρχής, καταστρώθηκε το σχέδιο της εξέγερσης, κέντρο της οποίας θα ήταν η Πελοπόννησος. Το «Σχέδιον Γενικόν» των Φιλικών πρόβλεπε λαϊκή εξέγερση στην Κωνσταντινούπολη και πυρπόληση του οθωμανικού στόλου, μετάβαση του Υψηλάντη στη Μάνη και εξέγερση στις παραδουνάβιες ηγεμονίες, για λόγους αντιπερισπασμού. Υπήρχε ακόμη πρόβλεψη για συμμαχία με Σέρβους και Βουλγάρους. Για την εφαρμογή της απόφασης και την προετοιμασία της καθόδου του Υψηλάντη στάλθηκε στην Πελοπόννησο ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος, γνωστός και ως Παπαφλέσσας, και υπεύθυνος μαζί με τον Αναγνωσταρά για την Μεσσηνία.
Στις 24 Δεκεμβρίου 1820 εκστράτευσε από την Τριπολιτσά εναντίον του Αλή πασά στα Ιωάννινα, ο Χουρσίτ Μεχμέτ Πασάς του Μοριά και μειώθηκαν σημαντικά οι αξιόμαχες τουρκικές στρατιωτικές δυνάμεις στην περιοχή. Στις 6 Ιανουαρίου πέρασε στο Μοριά από την Ζάκυνθο, ειδοποιημένος από τους Φιλικούς ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης. Ο Παπαφλέσσας όργωσε τον Μοριά μιλώντας για την επανάσταση σε πόλεις και χωριά. Ο Κολοκοτρώνης έκανε συγκεντρώσεις καπεταναίων από όλη την Πελοπόννησο και τους ενημέρωσε να πάρουν τα όπλα μόλις δοθεί το σύνθημα. Άλλοι Φιλικοί προετοίμαζαν την επανάσταση σε Ρούμελη, Θεσσαλία και Μακεδονία.
Στις 26 Ιανουαρίου έγινε στη Βοστίτσα (Αίγιο) η Συνέλευση της Βοστίτσας, στην οποία συμμετείχαν επίσημοι αντιπρόσωποι των προεστών της Πάτρας και των Καλαβρύτων, τρεις ιεράρχες (δεσπότες) μεταξύ των οποίων ο Παλαιών Πατρών Γερμανός, διάφοροι προεστοί, αρχιερείς και καπεταναίοι από όλη την Πελοπόννησο και ο Παπαφλέσσας. Ο Παπαφλέσσας και οι καπεταναίοι δήλωσαν έτοιμοι για εξέγερση, οι προεστοί ήταν διστακτικοί και ζήτησαν εγγυήσεις για την υποστήριξη της Ρωσίας, τελικά συμφώνησαν όλοι να περιμένουν την άφιξη του Υψηλάντη για να ξεκινήσει η εξέγερση.
Ενώ στην Πελοπόννησο περίμεναν τον ερχομό του Υψηλάντη, είχαν εμφανιστεί διαφωνίες μεταξύ των ηγετικών στελεχών της Επανάστασης για το πότε αυτή θα έπρεπε να ξεκινήσει. Ο Υψηλάντης ήταν της άποψης ότι πρέπει να κηρυχθεί η Επανάσταση την άνοιξη του 1821. Υπέρ της επίσπευσης της έναρξης ήταν και οι Πατζιμάδης και Αντ. Κομιζόπουλος οι οποίοι από τη Μόσχα έγραφαν στον Ξάνθο την 14 Δεκ. 1820 ότι "... καιρός να αρχίση η θεώρησις του μπιλάντζου (Επανάστασης) καθ' όλα τα φαινόμενα ...". Ομοίως οι Γ. Ολύμπιος και Ι. Φαρμάκης με επιστολές τους της 9 Ιαν. 1821 από το Βουκουρέστι προς τον Υψηλάντη τόνιζαν την ανάγκη της γρήγορης έναρξης. Ο Δικαίος επίσης τόνιζε ότι "... ο καιρός δεν περιμένει την εδικήν σου και την εδικήν μου αργοπορίαν...". Αντίθετα, οι Αθ. Τσακάλωφ, Παν. Αναγνωστόπουλος, ο επίσκοπος Ουγγροβλαχίας Ιγνάτιος και ο Αλ. Μαυροκορδάτος που βρίσκονταν στην Πίζα ήταν της άποψης ότι οι προπαρασκευές δεν ήταν επαρκείς και δεν μπορούσε να αρχίσει σύντομα η Επανάσταση.
Ο Αναγνωστόπουλος περί τα μέσα Φεβρουαρίου 1821 πήγε στη Ρουμανία όπου πρότεινε πεντάμηνη αναβολή της εξέγερσης. Όμως ο Υψηλάντης, επωφελούμενος της κατάστασης που δημιουργήθηκε στα μέσα Φεβρουαρίου από τον θάνατο του ηγεμόνα Αλέξανδρου Ν. Σούτσου, άρχισε τις προκαταρκτικές επαναστατικές ενέργειες. Εν τω μεταξύ έφτασαν οι πληροφορίες για την προδοσία του μυστικού από τον φιλικό Ασημάκη Θεοδώρου και δημιουργήθηκαν φόβοι ότι θα ακολουθούσαν βαριά αντίποινα των Τούρκων κατά των Ελλήνων. Ταυτόχρονα, το μυστικό διέρρευσε και στο Ιάσιο όπου ακόμα και μικρά παιδιά το εγνώριζαν. Έτσι αποφασίστηκε η κήρυξη της Επανάστασης χωρίς αναβολή.
Ο ιστορικός Αλ. Ι. Δεσποτόπουλος θεωρεί ότι η τελική απόφαση για την Επανάσταση ελήφθη στο Κισνόβιο, πρωτεύουσα της Βεσσαραβίας, την 16 Φεβρουαρίου 1821, όπως προκύπτει από συγκαλυμμένο μήνυμα που στάλθηκε στον Ξάνθο την ίδια ημέρα.
Το Φεβρουάριο του 1821, όμως, φόβοι ότι οι οθωμανικές αρχές είχαν έλθει σε γνώση των επαναστατικών σχεδίων, υποχρέωσαν τον Υψηλάντη να μη μεταβεί στη Μάνη, αλλά να αλλάξει το αρχικό σχέδιο και να ξεκινήσει ο ίδιος την επανάσταση στη Μολδοβλαχία.
