Για την πρόελευση του ονόματος της Μηλινόης δεν υπάρχει κάποια καταγεγραμμένη πηγή, αλλά κατά πάσα πιθανότητα προέρχεται από το επίθετο «μήλινος», παραπέμποντας στο χρώμα τουκίτρινου μήλου (ή κυδωνιού), χρώμα του θανάτου ή της ασθένειας, κάτι που συμπίπτει και από τον τόπο γέννησής της και έχει συσχέτιση με την μητέρα της.
Επίσης στον Ορφικό ύμνο αναφέρεται ως "κροκόπεπλος" που σημαίνει με κίτρινο πέπλο, επίθετο όμως που έδιναν οι αρχαίοι ποιητές στις θεές της σελήνης. Στους ύμνους δύο θεές έφεραν αυτό το επίθετο: η Μηλινόη και η Εκάτη, δείχνοντας έτσι και την άρρηκτη σύνδεσή τους.
Με αφορμή αυτόν τον χαρακτηρισμό, αλλά και την ιστορία της, την συνδέουν είτε με τηνΠερσεφόνη λόγω της κοινής "ζωής" στον Κάτω Κόσμο του Άδη, αλλά περισσότερο με την θεάΕκάτη (με την οποία είχε τον ίδιο χαρακτηρισμό στους ορφικούς ύμνους) με την υπόθεση πως η ίδια ήταν ένα επίθετο της προστάτιδας θεάς της μαγείας (σύμφωνα με κάποιες εκδοχές, κόρη της Εκάτης είναι η Μήδεια), η οποία ούτως ή άλλως συνδέεται άμεσα με το μύθο της αρπαγής της Περσεφόνης από τον Πλούτωνα και της αναζήτησής της από τη Δήμητρα, ως γενεολογικό δέντρο της.
Σύμφωνα με τον μύθο, όταν ο Πλούτωνας έκλεψε με το άρμα του την Περσεφόνη, η θεά Εκάτη άκουσε τις φωνές της και ήταν εκείνη που συνόδεψε τη Δήμητρα στα ανάκτορα του Ήλιου για να μάθει τι συνέβη.
Μετά την εξέλιξη αυτή για την αποκάλυψη της αλήθειας για το θέμα της Περσεφόνης, η τρίμορφη θεά (Εκάτη) γίνεται άμεση σύντροφος και προστάτιδα της Κόρης, καθώς και σημαντική χθόνια θεότητα, η οποία συνδέεται και με τη σελήνη και την προστάτιδά της, Αρτέμιδα (και αυτή η σύνδεση σχετικά με την σελήνη, προαναφέρθηκε πιο πάνω και προκύπτει από τον ίδιο τον Ορφικό ύμνο με βάση τον χαρακτηρισμό "κροκόπεπλος").
Έτσι, με αυτόν τον συσχετισμό, η Μηλινόη θεωρείται και θεά του φεγγαριού.
Η Μηλινόη - και αυτό αποδεικνύεται από τον ύμνο προς αυτήν - αποτελεί σημαντική θεότητα της Ορφικής θρησκείας (Ορφισμού) και είναι βασική χθονία νύμφη, που προκαλεί τους νυχτερινούς εφιάλτες και την τρέλα.
Πιστευόταν ότι ήταν μισή λευκή και μισή μαύρη (και εδώ μπορεί να συνδεθεί μία επιπλέον ετυμολογική ερμηνεία του ονόματός της, κατά την οποία το όνομα προέρχεται από το "μέλας" που σημαίνει μαύρος) αντιπροσωπεύοντας τη δυαδικότητα του Επουρανίου Δία και τουΚαταχθόνιου Άδη-Πλούτωνα, καθώς και της καταχθόνιας και σεληνιακής της ιδιότητας.
(*Φωτό:Σχέδιο από χάλκινο δισκίο που βρέθηκε στην Πέργαμο. Απεικονίζει τρεις στεφθείσες θεές με τα ονόματα ΔΙΩΝΗ, ΦΟΙΒΙΗ και ΝΥΧΙΗ. Η καθεμιά περιβάλλεται από πυκνογραμμένες επιγραφές, κυρίως αμετάφραστες συλλαβές για ξόρκι (μαγικές επικλήσεις). Η επιγραφή γύρω από τη Φοίβη επικαλείται την Περσεφόνη, τη Μηλινόη και τη Λευκοφρύνη (επίθετο της Αρτέμιδας). Η επιγραφή χρονολογείται στο πρώτο μισό του 3ου μ.Χ. αιώνα.)
