Ανήκουν στην ομώνυμη κοινότητα, η οποία περιλαμβάνει εκτός από τα δύο Κουφονήσια και το νησί Κέρος, καθώς και αρκετές μικρότερες νησίδες γύρω από τα κύρια νησιά....
Το μεγαλύτερο σε έκταση νησί της κοινότητας είναι η Κέρος ενώ το μόνο κατοικημένο είναι το Άνω Κουφονήσι που αποτελεί και την έδρα της κοινότητας.
Το Άνω Κουφονήσι έχει έκταση 5,7 km² και πληθυσμό 366 κατοίκους, κύρια ασχολία των οποίων είναι η αλιεία και σε μικρότερο βαθμό η κτηνοτροφία (κυρίως αιγοπρόβατα). Επίσης ξεχωρίζουν οι 5 αξιόλογες παραλίες που υπάρχουν στο νησί, με ωραιότερες το Πορί και τον Φοίνικα. Οι παραλίες Χαροκόπου και Πλατιά Πούντα συγκεντρώνουν τον περισσότερο κόσμο. Μη ξεχάσετε να βουτήξετε και στην Πισίνα, μια μικρή πανέμορφη φυσική πισίνα.
Ο οικισμός της Χώρας στη νοτιοδυτική ακτή του νησιού είναι ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα της κυκλαδίτικης αρχιτεκτονικής. Το Κουφονήσι έχει αρχίσει να αναπτύσσεται τουριστικά τα τελευταία χρόνια όμως, η φυσική ομορφιά και η παραδοσιακή γοητεία του να μην έχουν αλλοιωθεί σημαντικά.
Το Κάτω Κουφονήσι έχει έκταση 4,4 km². Αν και παλαιότερα υπήρχε ένας οικισμός δέκα οικογενειών, στις μέρες μας είναι σχεδόν ακατοίκητο, καθώς διαθέτει μόνο μερικές κατοικίες ψαράδων και κατοικείται κυρίως το καλοκαίρι. Στο Κάτω Κουφονήσι υπάρχει και μια γραφική εκκλησία αφιερωμένη στην Παναγία, που είναι κτισμένη επάνω σε αρχαία ερείπια.
