Κατά τη διάρκειά της, ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος θα πραγματοποιήσει εισήγηση με θέμα «Ενημέρωσις περί προτάσεως υπό της Ελληνικής Κυβερνήσεως επί του θέματος της Εκκλησιαστικής Περιουσίας», θα ενημερώσει τα μέλη της Συνόδου για το περιεχόμενο και τη σημασία της κατ’ αρχήν συμφωνίας και εν συνεχεία θα ακολουθήσει συζήτηση επί της εισηγήσεως, προκειμένου να διαμορφωθούν τελικά οι θέσεις της Εκκλησίας από τους 82 Αρχιερείς της.
Ήδη πολλοί ιεράρχες αμφισβήτησαν τις επιλογές του Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου και άσκησαν δριμεία κριτική στη συμφωνία. Ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ, Θεσσαλονίκης Ανθιμος, Καλαβρύτων Αμβρόσιος, Σιατίστης Παύλος, ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος, Δημητριάδος Ιγνάτιος, ο Σπάρτης Ευστάθιος, ο Βεροίας Παντελεήμων, ο Ναυπάκτου Ιερόθεος και ο Σάμου Ευσέβιος, έχουν αναφερθεί κατά της συμφωνίας.
Σύμφωνοι με τις κινήσεις του Ιερώνυμου είναι μεταξύ άλλων ο Ιωαννίνων Μάξιμος, και ο Νέας Ιωνίας και Φιλαδελφείας Γαβριήλ. Την ίδια στιγμή ο μητροπολίτης Κηφισίας Κύριλλος με επιστολή προς τους κληρικούς της περιοχής του τους καλεί να εμπιστευτούν τον Αρχιεπίσκοπο
Εν αναμονή τελούν 9.200 κληρικοί, οι οποίοι αντέδρασαν έντονα, διότι σύμφωνα με το προσύμφωνο θα τεθούν εκτός του δημόσιου ταμείου και ζητούν απαντήσεις σε ερωτήματα για τη μισθοδοσία τους.Από την επομένη της συμφωνίας ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος, προκειμένου να κατευνάσει τις αντιδράσεις, έχει δηλώσει ότι δεν θα κάνει τίποτα χωρίς τη σύμφωνη γνώμη τους.
Στην τοποθέτησή του ο κ. Ιερώνυμος θα επιχειρήσει να λύσει απορίες. Ενδεικτικά φέρεται ότι ο Αρχιεπίσκοπος θα προβάλει το επιχείρημα πως καθώς η συμφωνία μιλάει για 10.000 θέσεις και οι κληρικοί είναι 8.760, αυτό δίνει τη δυνατότητα να γίνουν σε μητροπόλεις 1.240 διορισμοί συμβασιούχων έως τις 10.000 θέσεις. Επίσης, δεν αποκλείεται ο κ. Ιερώνυμος να αναζητήσει, μέσω της λύσης μιας επιτροπής που θα μελετήσει περαιτέρω το θέμα, να βρει συμβιβαστική λύση. Αλλωστε, οι ιεράρχες προτάσσουν την αγάπη, έστω κι αν, στο παρασκήνιο, ακονίζουν τα μαχαίρια
Το Οικουμενικό Πατριαρχείο, από την πλευρά του, εκφράζει την έντονη δυσφορία του για το ότι δεν ενημερώθηκε εγκαίρως για την ατζέντα της συνάντησης των κ.κ. Τσίπρα και Ιερώνυμου, και διαμηνύει ότι δεν πρόκειται να αποδεχθεί κανένα σχέδιο, χωρίς τη σύμφωνη γνώμη του. Και η εκκλησία της Κρήτης εκφράζει ισχυρές αντιρρήσεις.
Μεταξύ των σημείων της συμφωνίας, όπως παρουσιάστηκε από τον κ. Τσίπρα και τον κ. Ιερώνυμο το απόγευμα της Δευτέρας 6/11, τις περισσότερες αντιδράσεις προκαλεί η ρύθμιση για τη μισθοδοσία των κληρικών και το νομικό πλαίσιο της εργασιακής τους θέσης. Συγκεκριμένα, η κυβέρνηση θα συνεχίσει να εγγυάται την πληρωμή των 8.760 κληρικών της χώρας – επί της ουσίας θα τους μισθοδοτεί, με το κονδύλι να ανέρχεται περί τα 198 εκατ. ευρώ ετησίως. Παράλληλα, οι κληρικοί δεν θα νοούνται στο εξής ως δημόσιοι υπάλληλοι και ως εκ τούτου διαγράφονται από την Ενιαία Αρχή Πληρωμών.
Υπενθυμίζεται ότι μετά την κατ’ αρχήν συμφωνία ο Προκαθήμενος της Ελλαδικής Εκκλησίας ευχαρίστησε τον πρωθυπουργό «διότι είστε συντελεστής σ’ αυτή την ιστορική στιγμή, σ’ αυτό το μεγάλο γεγονός που η Εκκλησία θα αισθάνεται όχι ότι γίνεται πιο πλούσια, δεν την ενδιαφέρει αυτό, αλλά ότι γίνεται πιο λειτουργική στην πραγματοποίηση των οραμάτων που έχει».
Επιπλέον, μεταξύ άλλων, δήλωσε ότι «βρήκα ανταπόκριση στα ερωτήματά μου και θέλω να σας ευχαριστήσω και στο συγκεκριμένο θέμα για το οποίο συναντηθήκαμε θα μας βρείτε στενούς συνεργάτες. Πιστεύω ότι όλοι κρινόμαστε από αυτό που εκπέμπουμε και αυτή η συμφωνία εκπέμπει την πρόθεσή μας να πάμε ένα βήμα πιο μπροστά σεβόμενοι ο ένας τον άλλο».
Τέλος, ανέφερε πως «θα προχωρήσουμε σε ένα πνεύμα αυτοτέλειας και συνεργασίας. Να γίνει η Εκκλησία περισσότερο διάκονος του θελήματος του λαού».
