Έπειτα από επίπονες διαβουλεύσεις στις ευρωπαϊκές πρωτεύουσες για την εξασφάλιση της απαραίτητης υποστήριξης για το ελληνικό κράτος, έφτασε στο Ναύπλιο στις 6 Ιανουαρίου 1828, γενόμενος δεκτός με ζητωκραυγές και ενθουσιώδεις εκδηλώσεις από τον λαό.
Δύο ημέρες αργότερα μετέβη στην Αίγινα, η οποία είχε κριθεί καταλληλοτέρα από το Ναύπλιο ως προσωρινή έδρα της Κυβέρνησης.
Η πρώτη επαφή του με την ηπειρωτική Ελλάδα υπήρξε αποκαρδιωτική, λόγω της κατάστασης που επικρατούσε στο πολιτικό σκηνικό. Οι αντιπαλότητες που είχαν προκύψει μεταξύ των φατριών κατά τη διάρκεια της επανάστασης δεν είχαν κοπάσει, ενώ η χώρα είχε καταστραφεί και η οικονομία της τελούσε υπό πτώχευση.
Ο Καποδίστριας εκλήθη να κυβερνήσει με βάση το Δημοκρατικό Σύνταγμα της Τροιζήνας, αλλά ως οπαδός της πεφωτισμένης δεσποτείας πίστευε ότι τα Συντάγματα και τα Κοινοβουλευτικά Σώματα ήσαν πρόωρα για το ασύστατο ακόμα κράτος.
Πρέσβευε εις την αρχή του ενός ανδρός, έστω και υπό προθεσμία. Στις 18 Ιανουαρίου 1828 πέτυχε ψήφισμα της Βουλής περί αναστολής του Συντάγματος.
Έτσι, κατέστη η μοναδική πηγή εξουσίας, συνεπικουρούμενος από το Πανελλήνιον, ένα συμβουλευτικό σώμα αποτελούμενο από 27 μέλη. Στη σύγκληση μιας νέας Εθνοσυνέλευσης στο άμεσο μέλλον παραπεμπόταν η ψήφιση του νέου Συντάγματος.
Ο Καποδίστριας εγκαινίασε την περίοδο της απολυταρχίας, η οποία διατηρήθηκε μέχρι το Σύνταγμα του 1843.
