Οι διαμάχες πολιτικών και στρατιωτικών, που υπέβοσκαν από το πρώτο έτος της Επανάστασης οξύνθηκαν κατά τη διάρκεια και μετά την ολοκλήρωση της Β’ Εθνοσυνέλευσης στο Άστρος (18 Απριλίου 1823). Η πολιτική κρίση εξελίχθηκε σε εμφύλιο πόλεμο το πρώτο εξάμηνο του 1824.
Οι δύο αντιμαχόμενες παρατάξεις ήσαν από τη μία πλευρά οι σημαντικότεροι στρατιωτικοί της Πελοποννήσου με επικεφαλής τον Κολοκοτρώνη («Αντικυβερνητικοί») και από την άλλη οι σημαντικότεροι πολιτικοί της Πελοποννήσου και οι νησιώτες («Κυβερνητικοί»). Το ρουμελιώτικο στοιχείο, που δεν είχε ενεργό ανάμιξη στη φάση αυτή, εκπροσώπησε ο ηπειρώτης Ιωάννης Κωλέττης. Το θέατρο των επιχειρήσεων υπήρξε η Πελοπόννησος.
Αφορμή στάθηκε η καθαίρεση του υπουργού Δημητρίου Περούκα από τον νέο πρόεδρο του Βουλευτικού (Βουλή) Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, με την κατηγορία της υπέρβασης καθήκοντος. Οι στρατιωτικοί, υπερασπιζόμενοι το Εκτελεστικό (κυβέρνηση), διαλύουν το Βουλευτικό, με την κατηγορία ότι δεν είχε ενεργήσει νόμιμα στην περίπτωση Περούκα.
Στα τέλη Νοεμβρίου 1823 το Βουλευτικό καταφεύγει στο Κρανίδι για να βρίσκεται πιο κοντά στα ναυτικά νησιά που το υποστήριζαν. Από εκεί κηρύσσει παράνομο το Εκτελεστικό και κηρύσσει νέο, με επικεφαλής τον υδραίο μεγαλοκαραβοκύρη Γεώργιο Κουντουριώτη και μέλη τους Παναγιώτη Μπόταση, Ιωάννη Κωλέττη, Νικόλαο Λόντο και Ανδρέα Ζαΐμη. Έτσι, δημιουργούνται δύο πόλοι εξουσίας, ο ένας με έδρα το Κρανίδι («Κυβερνητικοί») και ο άλλος με έδρα την Τριπολιτσά («Αντικυβερνητικοί»). Η μία κυβέρνηση κατηγορούσε την άλλη ως παράνομη, ενώ και οι δύο προκήρυξαν εκλογές για την ανάδειξη νέου Βουλευτικού.
Οι «Αντικυβερνητικοί» κατηγορούσαν τους «Κυβερνητικούς» ότι θέλουν να παραδώσουν την Ελλάδα στους Άγγλους, ενώ οι «Κυβερνητικοί» εξέφραζαν τους φόβους για τις δικτατορικές τάσεις των στρατιωτικών, που αποτελούσαν τη ραχοκοκκαλιά των «Αντικυβερνητικών». Η πλάστιγγα έγειρε εύκολα υπέρ των «Κυβερνητικών», που είχαν τη δύναμη και τον πλούτο. Συσπείρωναν τους νησιώτες εφοπλιστές και κεφαλαιούχους, τους περισσότερους ρουμελιώτες οπλαρχηγούς, το μεγαλύτερο μέρος των πελοποννησίων γαιοκτημόνων, τους Έλληνες του εξωτερικού και τους περισσότερους φιλέλληνες. Ο Κολοκοτρώνης μπορεί να ήταν η ψυχή των «Αντικυβερνητικών», αλλά οι δυνάμεις που τον υποστήριζαν ήταν περιορισμένες.
Όπλο στα χέρια της κυβέρνησης του Κρανιδίου ήταν και το πρώτο δάνειο της ανεξαρτησίας, που συνήφθη για τις πολεμικές ανάγκες της χώρας, αλλά κατασπαταλήθηκε στην εμφύλια διαμάχη. Μάταια η παράταξη Κολοκοτρώνη προσπάθησε να το μπλοκάρει, επειδή γνώριζε ποια θα ήταν η τύχη του. Το δίμηνο Φεβρουαρίου – Μαρτίου δόθηκαν σκληρές μάχες στις περιοχές της Αρκαδίας και της Αργολίδας, με εύκολη επικράτηση των Κυβερνητικών.
Οι ψύχραιμες φωνές για συμβιβασμό επικράτησαν και ο Κολοκοτρώνης, βλέποντας την αδυναμία του, αναγκάστηκε να συρθεί σε συνδιαλλαγή με τον Κουντουριώτη και μετά από κοπιαστικές συζητήσεις επιτεύχθηκε συμφωνία για τερματισμό των εχθροπραξιών στις 22 Μαΐου 1824. Ο Κολοκοτρώνης αναγνώρισε την κυβέρνηση Κουντουριώτη, η οποία στις αρχές Ιουλίου χορήγησε αμνηστία στους αντιπάλους της.
