Η σορός του μεταφέρθηκε στην εκκλησία του Αγίου Δημητρίου στη Σαλαμίνα όπου ετάφη και θρηνήθηκε από το πανελλήνιο.
Αναφέρεται πως όταν ο Κολοκοτρώνης έμαθε τον θάνατο του Καραϊσκάκη “κάθισε σταυροπόδι” και μοιρολογούσε σαν γυναίκα.
Μετά το θάνατο του Καραϊσκάκη ανέλαβαν ο Κόχραν με τον Τσώρτς την διοίκηση της διεξαγωγής της μάχης στη πεδιάδα του Φαλήρου όπου και ακολούθησε η ολοκληρωτική καταστροφή του Ανάλατου, στη σημερινή περιοχή Φλοίσβου (Φαλήρου) όπου είχαν οι Τούρκοι παρασύρει τους Έλληνες μέχρι που τους περικύκλωσαν.
Ακολούθησε η διάλυση του ελληνικού στρατοπέδου της Ακρόπολης και η ανακατάληψή της και η διάλυση και του στρατοπέδου του Κερατσινίου.
Οκτώ χρόνια μετά το θάνατό του (1835) έγινε ανακομιδή των λειψάνων του από τη Σαλαμίνα στον Πειραιά,προκειμένου να ταφούν οριστικά στο σημείο που έπεσε και όπου ήδη είχε ανεγερθεί το μνημείο του.
Μαζί με τα οστά του Καραϊσκάκη, στο ίδιο μέρος και μετά από επίσημη τελετή όπου παρέστησαν εκπρόσωποι των πολιτικών, στρατιωτικών και δικαστικών αρχών,ενταφιάστηκαν τα αντίστοιχα λείψανα των υπολοίπων ελλήνων και φιλελλήνων που είχαν σκοτωθεί υπερασπιζόμενοι την πόλη της Αθήνας.
Ο ίδιος ο βασιλιάς Όθωνας απότισε φόρο τιμής στο νεκρό του Καραϊσκάκη, εναποθέτωντας πάνω στη λάρνακά του το Παράσημο του Τάγματος του Σωτήρος ανωτέρου βαθμού το οποίον έφερε, ενώ ανέλαβε και την κηδεμονία των θυγατέρων του πεσόντα ήρωα.
Ο Τάφος του Γεώργιου Καραϊσκάκη
Επί χούντας, ο δήμαρχος Πειραιά Σκυλίτσης ζήτησε την ανακατασκευή του μνημείου που είχε ανεγερθεί επί Όθωνα.
Η τεχνική εταιρεία όμως που εκτέλεσε τότε τα έργα, μαζί με τα μπάζα φέρεται να πέταξε στη θάλασσα ή σε γκαράζ τα οστά του θρυλικού «γιου της καλόγριας», καθώς και άλλων αγωνιστών.
Σύμφωνα με τον ιστορικό Νίκο Γιαννόπουλο μέχρι σήμερα δεν έχουν δοθεί πειστικές απαντήσεις για το τι απέγιναν τα οστά του Καραΐσκάκη.
Προς τιμήν του αρχιστράτηγου πάντως, το γήπεδο του Ολυμπιακού πήρε το όνομά του, καθώς περίπου σε αυτή την τοποθεσία σκοτώθηκε, ο ρουμελιώτης καπετάνιος.
