Το αρχείο του, σημαντικότατη και αξιόπιστη πηγή για την ιστορία της Φιλικής Εταιρείας αποτελείται από 14 έγγραφα και ένα περιεκτικότατο χειρόγραφο κώδικα στον οποίο περιέχονται λογαριασμοί της Φιλικής Εταιρείας, αντίγραφα 89 επιστολών του Παναγιώτη Σέκερη από την Κωνσταντινούπολη και την Οδησσό από τον Αύγουστο του 1818 έως τον Αύγουστο του 1821, καθώς επίσης και κατάλογος 520 Φιλικών με τα σημεία αφιερώσεως και καθιερώσεως του καθενός.
Στη Φιλική Εταιρεία μυήθηκε από τον Παναγιώτη Αναγνωστόπουλο στις 5 Μαϊου 1818 στην Κωνσταντινούπολη, όπως φαίνεται από το αφιερωτικό του γράμμα, σταλμένο στον αδελφό του Γεώργιο Σέκερη.
Εκείνος σπούδαζε στο Παρίσι και υπήρξε το πρώτο μέλος που μυήθηκε στην Εταιρεία αμέσως μετά την ίδρυσή της (η μύησή του πραγματοποιήθηκε από το Νικόλαο Σκουφά στη Μόσχα το 1814).
Μετά τον θάνατο του Σκουφά τον Ιούλιο του 1818 με κοινή απόφαση των Ξάνθου και Αναγνωστόπουλου, αποκαλύφθηκαν στον Σέκερη από τον δεύτερο όλα τα σχετικά με την «Ανώτατη Αρχή», ώστε να εξασφαλιστεί η πλήρης εμπιστοσύνη του στους σκοπούς της Εταιρείας.
Εκείνος δέχτηκε με ψυχραιμία τα μυστικά της οργάνωσης των φιλικών και ορκίστηκε ότι θα προσφέρει για τους σκοπούς τους την περιουσία και τη ζωή του, καταλαμβάνοντας έτσι θέση στη 16μελή Αρχή της Εταιρείας καθώς και τη θέση του ταμία.
Ο Παναγιώτης Σέκερης μετά την αναχώρηση του Αναγνωστόπουλου και του Ξάνθου από την Κωνσταντινούπολη τον Φεβρουάριο του 1819 έμεινε μοναδικός αρχηγός της Εταιρείας.
Σε αυτόν έπρεπε να απευθύνονται όλα τα αφιερωτικά γράμματα και οι συνδρομές των νέων μελών.
Εκείνος με τη σειρά του έπρεπε να ανταποκρίνεται στις οικονομικές απαιτήσεις των εξεχόντων μελών και να ενημερώνει τα μέλη της Αρχής που είχαν διασκορπισθεί.
Για να αντεπεξέλθει στις αυξανόμενες οικονομικές ανάγκες αναγκαζόταν να μεταχειρίζεται όχι μόνο το κύρος του αλλά κυρίως την προσωπική του περιουσία,που φυσικά άρχισε να μειώνεται.
Το 1820 έχοντας εξανεμίσει το μεγαλύτερο μέρος της περιουσίας του αναγκάστηκε να καταφύγει σε δανεισμό από εμπόρους της Κωνσταντινούπολης για να αντιμετωπίσει τις άμεσες δαπάνες της Εταιρείας.
Το αποτέλεσμα αυτού του δανεισμού ήταν η πτώχευση της εταιρείας του.
Μόλις ξέσπασε η Επανάσταση, ο Σέκερης αναγκάστηκε να φύγει από την Κωνσταντινούπολη και να μεταβεί στην Οδησσό.
Ο Παναγιώτης Σέκερης παρέμεινε στην Οδησσό μέχρι το 1830, έτος κατά το οποίο ήρθε οικογενειακώς στην Ελλάδα και εγκαταστάθηκε στο Ναύπλιο.
Σεμνός καθώς ήταν, δεν πήρε ούτε αξιώματα ούτε κάποια αξιόλογη δημόσια θέση.
Τοποθετήθηκε τελώνης πρώτα στην Ύδρα και ύστερα στο Ναύπλιο, όπου και πέθανε πάμφτωχος.
Παρά τις προσπάθειές του δεν κατάφερε να αποζημιωθεί για την υλική και ηθική του προσφορά στον Αγώνα για την Ανεξαρτησία.
Ο Παναγιώτης Σέκερης απεβίωσε τελικά στις 29 Ιανουαρίου 1847 σε ηλικία 64 ετών.
Το αρχείο του, σημαντικότατη και αξιόπιστη πηγή για την ιστορία της Φιλικής Εταιρείας, απόκειται στο Αρχείο της Ιστορικής και Εθνολογικής Εταιρείας της Ελλάδος.
