Ο εκλιπών, αντιμετώπιζε σοβαρό πρόβλημα υγείας τους τελευταίους δύο μήνες κι άφησε την τελευταία του πνοή το πρωί της Κυριακής σε νοσοκομείο του Αμαρουσίου, όπου νοσηλευόταν, βυθίζοντας στο πένθος την οικογένεια του Παναθηναϊκού.
Για τη απώλεια του Ανδρέα Παπαεμμανουήλ, εξέδωσε και σχετική ανακοίνωση η ΠΑΕ Παναθηναϊκός, επισημαίνοντας:
«Φτωχότερη είναι από σήμερα η οικογένεια του Παναθηναϊκού, αφού ένας από τους σπουδαιότερους Έλληνες ποδοσφαιριστές της δεκαετίας του '60, ο Ανδρέας Παπαεμμανουήλ, "έφυγε" σε ηλικία 81 ετών.
Ο μυθικός "Κούνελος", όπως ήταν το προσωνύμιό του, γεννήθηκε στις 18 Φεβρουαρίου 1939 στο Φάληρο και θεωρήθηκε από τα μεγάλα ταλέντα της εποχής από την εφηβική ηλικία. Ο Παναθηναϊκός κατάφερε να τον εντάξει στο δυναμικό του και δεν λάθεψε. Ο Παπαεμμανουήλ φόρεσε τη φανέλα του Παναθηναϊκού για 11 χρόνια, από το 1958 έως και το 1969. Ήταν ένας ταχύτατος επιθετικός που έπαιζε στα άκρα, θυμίζοντας αυτό που στα νεότερα χρόνια ονομάζουμε εξτρέμ. Φόρεσε πάνω από 200 φορές τη φανέλα με το τριφύλλι, κατακτώντας 6 πρωταθλήματα (μεταξύ των οποίων και το αήττητο του 1964) και 2 Κύπελλα, ενώ βασικά προσόντα του ήταν η ταχύτητα, το δυνατό του σουτ (απ' όπου και το έτερο προσωνύμιο "Παπακανόνης") και η ευχέρεια στο σκοράρισμα.
Διατέλεσε επίσης προπονητής του Παναθηναϊκού σε δύο διαφορετικές σεζόν (1980-81 για τρεις αγώνες, 1982-83 για τέσσερις αγώνες) και μάλιστα ένα απ' αυτά ήταν το 4-2 επί της Γιουβέντους!
Η ΠΑΕ Παναθηναϊκός εκφράζει τα θερμά της συλλυπητήρια στους οικείους του Ανδρέα Παπαεμμανουήλ. Είναι μια θλιβερή ημέρα για το σύλλογο».
Ο Ανδρέας Παπαεμμανουήλ ήταν ένας από τους δύο ποδοσφαιριστές στην ιστορία των ντέρμπι Παναθηναϊκός-Ολυμπιακός που πέτυχαν χατ-τρικ. Το πρώτο χατ-τρικ το πέτυχε εκλιπών στις 24 Ιουλίου του 1960, για την τελευταία αγωνιστική του πρωταθλήματος, όταν ο Ολυμπιακός υποδέχτηκε τον Παναθηναϊκό. Ο Παπάζογλου άνοιξε το σκορ γα τον Ολυμπιακό αλλά η συνέχεια ο Παπαεμμανουήλ με το πρώτο του γκολ (23′) ισοφάρισε και με αυτογκόλ του Λαιμού (44′) έγινε το 1-2. Στο τελευταίο εικοσάλεπτο ο "Κούνελος" πέτυχε άλλα δύο τέρματα (70′, 83′) και έγινε ο πρώτος παίκτης με χατ-τρικ σε ντέρμπι αιωνίων. Λίγες ημέρες μετά, στο ίδιο γήπεδο, ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το πρώτο εθνικό πρωτάθλημα σε αγώνα μπαράζ με την ΑΕΚ.
Με τη φανέλα της εθνικής Ελλάδας ο Παπαεμμανουήλ αγωνίστηκε το διάστημα 1958-1965 16 φορές και σκόραρε 7 γκολ. Το ντεμπούτο του πραγματοποιήθηκε στις 3 Δεκεμβρίου 1958, στον εντός έδρας αγώνα εναντίον της Γαλλίας (1-1), για τα προκριματικά του Κυπέλλου Εθνών του 1960. Σε μια από τις σημαντικότερες στιγμές του με τη γαλανόλευκη φανέλα, στις 3 Μαΐου 1961, σημείωσε και τα δύο τέρματα της Ελλάδας στη νίκη επί της Βόρειας Ιρλανδίας με 2-1, για τα προκριματικά του Μουντιάλ 1962 ενώ στις 22 Οκτωβρίου του ίδιου χρόνου σκόραρε για την ίδια διοργάνωση και εναντίον της Γερμανίας στην εκτός έδρας ήττα με 1-2.
