Από μικρή ηλικία άρχισε ν΄ ασχολείται με τα λαϊκά όργανα και ξεκίνησε να μαθαίνει κοντά σε Θεσσαλονικιό μουσικοδιδάσκαλο αρχικά κιθάρα, μπουζούκι και στη συνέχεια ούτι. Έτσι από 15 ετών -όταν η οικογένειά του μετακόμισε στο Ναύπλιο- ο Μανώλης Χιώτης άρχισε να εργάζεται επαγγελματικά ως μουσικός.
Το 1935 βρέθηκε στην Αθήνα προκειμένου να σπουδάσει βιολί όταν τότε και γνωρίστηκε με τον Στράτο Παγιουμτζή ο οποίος και τον προσέλαβε να παίζει δίπλα του μπουζούκι στο κέντρο «Δάσος» του Βοτανικού. Το 1937, ακολουθώντας το ρεμπέτικο μοτίβο ηχογραφεί το πρώτο του τραγούδι «Το χρήμα δεν το λογαριάζω» που έγινε αμέσως επιτυχία. Μέχρι τον πόλεμο αλλά και μετά απ΄ αυτόν συνέχισε να γράφει τραγούδια πλην όμως βλέποντας ότι με το «κλασικό» μπουζούκι δεν μπορούσε να αποδώσει γρηγορότερες σε ρυθμό μουσικές εκτελέσεις, προχώρησε στη μεγάλη καινοτομία προσθέτοντας άλλη μία χορδή στο όργανο δημιουργώντας έτσι το «τετράχορδο μπουζούκι». Με το τετράχορδο πλέον μπουζούκι άνοιξε ο ορίζοντας για ασύλληπτες μέχρι τότε σε ταχύτητα εκτελέσεις.
Ταυτόχρονα στη δεκαετία του 1950 πρώτος αυτός εφαρμόζει τη χρήση του ενισχυτή σε λαϊκό όργανο. Έτσι καινοτομώντας αρχίζει η περίοδος του αρχοντορεμπέτικου όπου πλέον το μπουζούκι γίνεται αποδεκτό και από την λεγόμενη υψηλή κοινωνία για χατίρι της οποίας άρχισε επιλέγοντας να γράφει τραγούδια με λατινοαμερικάνικες επιρροές όσον αφορά τον ρυθμό. Αυτή η δεύτερη καινοτομία του, τον καθιέρωσε πλέον ως ηγέτη ιδιαίτερης μουσικής σχολής και τραγουδιού από το κοινό της εποχής του. Εκείνη ακριβώς την περίοδο ο αθηναϊκός τύπος τον αποκαλούσε «οδηγό του μπουζουκιού στα σαλόνια».
Το πρώτο κέντρο διασκέδασης που ο ίδιος δημιούργησε ήταν, μετά τον πόλεμο, το «Πιγκάλ», που ήταν και το πρώτο «κοσμικό κέντρο» της Αθήνας. Από τα τέλη της δεκαετίας του 1950 συνέχισε να παρουσιάζει το πρόγραμμά του στο πασίγνωστο τότε κέντρο «Σπηλιά» ή «Σπηλιά του Παρασκευά» στον Πειραιά, στην πίστα του οποίου γυρίστηκαν και τα περισσότερα πλάνα των σχετικών κινηματογραφικών του συμμετοχών.
Στη δεκαετία του 1960 ο Μανώλης Χιώτης περιλαμβανόταν μόνιμα σε ειδικό πίνακα Ελλήνων καλλιτεχνών της εθιμοτυπικής υπηρεσίας του Υπουργείου Εξωτερικών για τη προτεινόμενη διασκέδαση των υψηλών επισκεπτών της Χώρας. Ο Μανώλης Χιώτης είχε τραγουδήσει μπροστά σε πολλούς Ηγεμόνες και άλλους αρχηγούς Χωρών ενώ είχε κληθεί επί τούτου ακόμη και στο Λευκό Οίκο στα γενέθλια του Προέδρου Λίντον Τζόνσον.
Ο Μανώλης Χιώτης φέρεται να έγραψε περισσότερα από 1500 τραγούδια. Ανεξάρτητα όμως αυτού πολύ τακτικά συμμετείχε και ως σολίστ σε ηχογραφήσεις και πολλών άλλων λαϊκών συνθετών. Χαρακτηριστικό υπήρξε το γεγονός ότι ο Μίκης Θεοδωράκης στηρίχθηκε ακριβώς στη δεξιοτεχνία του Μ. Χιώτη κατά την πρώτη του επίσημη δισκογραφική του παρουσία με τον «Επιτάφιο» του Γιάννη Ρίτσου, συνεργασία που συνεχίστηκε και στο «Λιποτάχτες», «Αρχιπέλαγος» κ.ά. ενώ την ίδια εποχή συνεργάσθηκε ομοίως και με τον Μάνο Χατζιδάκι.
Οι μεγαλύτερές του επιτυχίες αποδόθηκαν από την τραγουδίστρια Μαίρη Λίντα, που υπήρξε η δεύτερη σύζυγός του για μια δεκαετία, με την οποία εμφανίσθηκε και στον κινηματογράφο. Ο Μανώλης Χιώτης είχε νυμφευθεί τρεις φορές. Η πρώτη του σύζυγος ήταν η Ζωή Νάχη με την οποία και απέκτησαν δύο παιδιά. Το 1958 παντρεύτηκε την παρτενέρ του Μαίρη Λίντα, ένας γάμος γεμάτος επιτυχίες, που όμως έληξε απρόσμενα το 1967 – 1968. Στη συνέχεια ο Μανώλης Χιώτης παντρεύτηκε την Μπέμπα Κυριακίδου με την οποία και πέρασε το υπόλοιπο της ζωής του. Πέθανε αιφνίδια από καρδιακή ανεπάρκεια στο Ιπποκράτειο νοσοκομείο της Αθήνας στις 21 Μαρτίου του 1970.
