Στις 11 Ιουνίου 1825 ο Μακρυγιάννης με 150 άνδρες είχε φτάσει στους Μύλους, ερχόμενος από αποτυχημένες περιπέτειες στην Μεσσηνία και Αρκαδία. Το πρωί της 12ης Ιουνίου εμφανίστηκε ο Αιγυπτιακός στρατός στην Αργολική πεδιάδα. Στο Ναύπλιο είχαν συγκεντρωθεί περίπου είκοσι χιλιάδες γυναικόπαιδα, ασθενείς και άμαχος πληθυσμός. Υπήρχε και ελάχιστος στρατός.
Ο Ιμπραήμ δεν είχε σκοπό να επιτεθεί, αλλά μόνο να βολιδοσκοπήσει την κατάσταση. Οι Έλληνες μην γνωρίζοντας τις προθέσεις του βιάστηκαν να συγκεντρώσουν μεγάλο μέρος του ελληνικού στρατού στους Μύλους, κατά των οποίων κινήθηκε ισχυρή φάλαγγα από πεζούς και ιππείς. Έφτασε και ο Δημήτριος Υψηλάντης μαζί με πολύ λίγους Φιλέλληνες του Ναυπλίου, μερικούς Έλληνες αγωνιστές, και με έναν λόχο ευζώνων οι οποίοι δεν είχαν αρχηγό. Η δύναμη του Υψηλάντη δεν ξεπερνούσε τους 500 άνδρες.
Στην ακτή τοποθετήθηκαν και τρία μικρά πολεμικά βρίκια με πυροβόλα. Παρευρέθηκαν δε και οι δύο μοίραρχοι του Αγγλικού και του Γαλλικού στόλου, Άμιλτον (Gawen William Hamilton, 1748 - 1838) και υποναύαρχος Δεριγνύ (ιππότης De Rigny), οι οποίοι αγκυροβόλησαν μπροστά στο Ναύπλιο και τους Μύλους αντίστοιχα.
Ο Ιμπραήμ επιτέθηκε στους Μύλους το μεσημέρι της 13ης. Τρεις επιθέσεις του εχθρικού πεζικού και μία του ιππικού αποκρούστηκαν γενναία. Τότε το εχθρικό πυροβολικό γκρέμισε με εύστοχες βολές το πρόχειρο οχύρωμα του Μακρυγιάννη, και ένας λόχος Αιγυπτίων επιτέθηκε ορμητικά υπερπηδώντας τα ερείπια.
Η αντεπίθεση του Μακρυγιάννη ήταν ηρωική. Μαζί με πέντε φιλέλληνες και λίγους εκλεκτούς Έλληνες όρμησαν με το σπαθί τους μόνο και κατέσφαξαν τους πρώτους εισβολείς, ενώ έτρεψαν τους υπόλοιπους σε φυγή. Οι Αιγύπτιοι μετά τις αποτυχημένες απόπειρες έπαψαν τις επιθέσεις, και επειδή είχε αρχίσει να βραδιάζει, υποχώρησαν και έφυγαν για το Άργος. Στο πεδίο της μάχης εγκατέλειψαν περί τους πενήντα νεκρούς και αποκόμησαν περί τους 100 τραυματίες.
Η μάχη των Μύλων ήταν ηρωική νίκη των Ελλήνων. Πολέμησαν κάτω από δυσχερείς έως ανύπαρκτες οχυρωματικές συνθήκες αντιμετωπίζοντας έναν καλά οργανωμένο και οπλισμένο τακτικό στρατό τετραπλάσιας δύναμης. Με την νίκη του αυτή ο Μακρυγιάννης έσωσε σε κρίσιμη στιγμή τον άμαχο πληθυσμό του Ναυπλίου, και διατήρησε σημαντικά αποθέματα τροφίμων και νερού. Αν έπεφταν οι Μύλοι θα χανόταν το Ναύπλιο και θα έσβηνε η Ελληνική επανάσταση στην Πελοπόννησο.
